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Schnelle TRIzol®-basierte RNA-Extraktion mit Integrität, Reproduzierbarkeit und weniger Handarbeit
Die RNA-Aufreinigung verlangsamt die molekularen Arbeitsabläufe oft mehr als sie sollte. Die herkömmliche TRIzol®-Extraktion ist weit verbreitet, umfasst jedoch mehrere manuelle Schritte, die Zeit kosten und zu Schwankungen führen können. Phasentrennung, Ausfällung, Waschen der Pellets und Trocknung erfordern eine sorgfältige Handhabung und können die Konsistenz von Probe zu Probe beeinträchtigen.
Direct-zol™ von Zymo Research vereinfacht diesen Prozess.
Anstatt einen mehrstufigen Extraktionsprozess zu durchlaufen, kann RNA direkt aus TRIzol® in einem schlanken, säulenbasierten Protokoll aufgereinigt werden, das nur 7 Minuten dauert. Das Ergebnis ist ein schnellerer Arbeitsablauf, der dennoch eine hohe RNA-Qualität und zuverlässige Downstream-Leistungen unterstützt.
Warum die traditionelle TRIzol®-Extraktion neu überdenken?
Der klassische TRIzol®-Arbeitsablauf wird seit langem mit qualitativ hochwertiger RNA in Verbindung gebracht, aber diese Qualität hängt oft von Technik und Timing ab. Selbst kleine Unterschiede bei der Handhabung der Proben können die Wiederfindung und Reproduzierbarkeit beeinflussen.
Zu den typischen Herausforderungen der traditionellen Extraktion gehören:
- Trennung der Chloroformphase
- sorgfältige Rückgewinnung der wässrigen Phase
- RNA-Fällung und Pellet-Handhabung
- Trocknungsschritte, die inkonsistent sein können
- längere Bearbeitungszeit
- höhere Bedienerabhängigkeit
In der Praxis bedeutet dies, dass der Arbeitsablauf zu einer Quelle unnötiger Abweichungen werden kann, insbesondere wenn mehrere Proben, verschiedene Benutzer oder zeitkritische Studien beteiligt sind.
Eine einfachere Alternative:
Direct-zol™
Direct-zol™ wurde entwickelt, um die mühsamsten Teile der TRIzol®-basierten RNA-Aufreinigung zu beseitigen. Die RNA wird direkt aus der TRIzol®-Probe gebunden, so dass keine Phasentrennung und Fällung erforderlich sind.
Die wichtigsten Vorteile
- Aufreinigung von RNA direkt aus TRIzol®
- Keine Phasentrennung erforderlich
- Keine Ausfällung oder Pellet-Trocknung
- Minimale Röhrchentransfers
- Optionale DNase-Behandlung auf der Säule
- Weniger als 7 Minuten Verarbeitungszeit
- Hochwertige RNA für nachgeschaltete Analysen
Traditioneller TRIzol®-Arbeitsablauf vs. Direct-zol™
| Schritt | Traditioneller TRIzol®-Arbeitsablauf | Direct-zol™ Arbeitsablauf |
|---|
| Lyse der Probe | Lyse der Probe in TRIzol® | Lyse der Probe in TRIzol® |
| Phasentrennung | Erforderlich | Nicht erforderlich |
| Übertragung der wässrigen Phase | Erforderlich | Nicht erforderlich |
| RNA-Ausfällung | Erforderlich | Nicht erforderlich |
| Waschen/Trocknen von Pellets | Erforderlich | Nicht erforderlich |
| DNase-Behandlung | Zusätzliche Behandlung | Optional an der Säule |
| Elution | Pellet resuspendieren | Eluieren von der Säule |
| Einarbeitungszeit | Oft 30-60 Minuten | Weniger als 7 Minuten |
Geschwindigkeit geht nicht zu Lasten der RNA-Qualität
Schnellen Protokollen wird manchmal unterstellt, dass sie weniger zuverlässig sind. Doch die Dauer des Arbeitsablaufs allein ist für die RNA-Qualität nicht entscheidend. Vielmehr kommt es darauf an, wie der Arbeitsablauf gestaltet ist.
Direct-zol™ kombiniert Schnelligkeit mit Leistung, indem es Handhabungsschritte reduziert, die üblicherweise Fehler verursachen. Mit Direct-zol™ gereinigte RNA eignet sich für anspruchsvolle Downstream-Anwendungen und unterstützt eine zuverlässige analytische Leistung.
Zu den berichteten Vorteilen gehören:
- hohe RNA-Integrität
- gute qPCR- und RT-qPCR-Leistung
- Kompatibilität mit RNA-seq-Arbeitsabläufen
- Rückgewinnung von kleinen RNAs, einschließlich miRNAs
- Reproduzierbare Ergebnisse für verschiedene Benutzer und Proben
Schlussfolgerung
Die RNA-Aufreinigung muss kein langsamer und technikabhängiger Engpass bleiben. Durch den Wegfall von Phasentrennung, Fällung und Pellet-Handling bietet Direct-zol™ eine schnellere und reproduzierbare Möglichkeit, RNA direkt aus TRIzol® aufzureinigen.
Das Ergebnis ist ein Arbeitsablauf, der Zeit spart und gleichzeitig die für nachgeschaltete molekulare Anwendungen erforderliche Qualität beibehält.
